محمد مختاری در روز پنج‌شنبه ۱۲ آذر ۱۳۷۷ پیش از غروب برای خرید از منزلش خارج شد و دیگر بازنگشت.
تیمی از اعضای وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی ایران او را ربودند و به قتل رساندند. قتل او، محمدجعفر پوینده، داریوش فروهر و پروانه اسکندری، بخشی از ترورهای سیاسی بود که بعدها به قتل‌های زنجیره‌ای معروف شد و مقامات وقت وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی ایران در بیانیه‌ای اعتراف کردند که این قتل‌ها به دست عوامل این وزارتخانه صورت گرفته‌است.
